Das Flachdach einer Mülltonnenbox lässt sich besonders schnell und einfach begrünen, schließlich ist hier alles gut erreichbar und es ist nicht nötig, auf dem Dach herum zu klettern. Es gibt Boxen für Mülltonnen, die bereits zur Begrünung vorbereitete Dächer haben, meist aus Edelstahl oder verzinktem Stahlblech. Hier ist nichts weiter zu tun, als ein Vlies einzulegen, ein Substrat bis zum Rand aufzuschütten und abschließend das Dach zu begründen.
Handelt es sich allerdings um eine Mülltonnenbox, die nicht für eine Begrünung gedacht ist, ist es nötig selbst den passenden Rand, die Entwässerung und die Dachdichtung anzubringen. Hier hat man die Wahl zwischen rostfreien, L-förmigen Metallwinkeln und wasserresistenten Hölzern wie Lärche oder Eiche als Umrandung.
Besteht das Dach Box aus Beton, muss nur ein Dachrand angebracht werden. Dies geschieht am besten in dem man die passenden Kanthölzer mittels Metallwinkeln aufdübelt. Für die Entwässerung ist es nötig zwischen Betondach bekannt Holz 5 mm Abstand zu lassen, bzw. man bohrt in eines der Kanthölzer Löcher, damit überschüssiges Regenwasser ungehindert abfließen kann.
Diese Seite sollte entweder die sein, zu der das Wasser von selbst schließt, bei leichtem Gefälle, oder die, an der das ablaufende Wasser niemanden stört. Das ist meistens auf der Rückseite oder einer Schmalseite der Box der Fall.
Verwendet man für die Kante rostfreie L- Profile, kann man den Abschluss gewährleisten, indem man eine der L- Schienen auf etwa 5 mm hohe Distanzstücke setzt. Auch möglich, man verwendet hier eine Gitterschiene oder ein Lochblech. Handelt es sich um kleine Boxen, reicht es aus, wenn man eine Ecke des selbst gebauten Randes mit Löchern versieht. In die so entstehende Wanne wird anschließend nur noch ein Stück Vlies gelegt und an den Rändern hochgeschlagen. Dann füllt man das Pflanzsubstrat hinein.
Eine Mülltonnenbox mit Holzdach muss mit einer Folie abgedichtet werden. Sind die Oberseiten des Daches rau, deckt man dieses mit einem Vlies ab, darüber gibt man anschließend Teichfolie. Entscheidet man sich für wasserresistentes Holz als Umrandung, ist es nicht notwendig, ausgelegte Folie am inneren Rand hochzuschlagen. Stattdessen legt man sie flach aus und schraubt die Randbefestigung hindurch. Dort, wo das Wasser abfließen soll, bringt man vor der Montage Löcher in die unteren Drittel des Dachrandes ein. Flexible Dichtmasse unter den Schraubenköpfen verhindert, dass Feuchtigkeit an das Holzdach gelangt. An der Ecke kann man die Folie etwas überhängen lassen, das gewährleistet, dass kein abfließendes Wasser an der Wand der Müllbox herunterrinnt. Zum Schluss schlägt man den Pflanzkasten bis zum Rand mit einem Vlies aus und füllt ihn mit Substrat auf. Vor dem Begrünen wird das Vlies am Rand exakt abgeschnitten.